Les comités ZIP sont issus du Programme Saint-Laurent Vision 2000 d'Environnement Canada et du Ministère de l'Environnement du Québec. Ce sont des organismes de concertation qui ont pour rôle principal de promouvoir la connaissance du Saint-Laurent (fleuve, tributaires et golfe) et de favoriser des initiatives locales de protection, de restauration, de conservation et de mise en valeur des usages et des ressources du Saint-Laurent, compatibles avec le développement durable.

Formé en décembre 1998 et officiellement incorporé en Août 1999, le Comité ZIP des Îles-de-la-Madeleine travaille aux usages, aux habitats et à la qualité du golfe St-Laurent. Les milieux d'intervention du Comité ZIP des Îles-de-la-Madeleine sont les zones côtières (plages, dunes et milieux humides) ainsi que les plans d'eau tels que la mer, les étangs, les lagunes et les cours d'eau.